В общем я разобрался,
костыль конечно мощьный но у меня все получилось и на данном этапе на пути к itop пока только так могу 
Просьба не пинать, конструктивные мысли и идеи буду рад услышать.
Начну по порядку и как для чайников (мне на начальном этапе сложно все было структурировать), вышеуказаное расширение https://www.itophub.io/wiki/page?id=extensions%3Aitop-portal-url-brick#usage устанавливается путем распоковки указаного архива (одной папкой) в папку itop/extentions
После этого лучше сразу внести правки в его настройки
На сайте расширения
В самом начале кусок вот этого кода
'itop-portal' => array( // Should be changed to your portal ID
'bricks' => array(
'url-to-combodo-website' => array( // Should be changed to your brick ID
'url' => 'https://www.combodo.com',
),
),
),
вставляем в основной конфиг в зону модулей под $MyModuleSettings = array(
В коде правится параметры name при необходимости(url-to-combodo-website) и url на тот сайт, который вам необходим.
У меня к примеру в конфиге имя брика url-to-portal
Далее с сайта весь кусок кода из примера
Вставляем в файл datamodel.itop-portal-url-brick.xml
правим название пункта меню и описание, сохраняем
url внутри xml на работу не влиеят
после запускается мастер повторной установки url-вашего-itop/setup (пример. http://192.168.0.1/setup) и устанавливаем расширение. После установки проверяем пункт меню на портале. Если у вас нет индикатора загрузки как тут Встроенная веб-страница в портал iTop радуемся, если есть колхозим)
Суть моего решения это скрытие этих элементов с помощью css
На скорую руку собрал модуль, который позволяет править css портала без потери внесеных ранее правок при переустановке (с этим я тоже ранее мучался, настроешь под себя, хоп и все по дефолту). 100% наверное это как-то можно настраивать по-другому, но я сделал так. Модуль предопределяет параметры css файла портала. Для внесения правок редактируется файл css/portal-edited-theme.css
Установка модуля аналогична.
В css внес некие со своей стороны улучшайзенги (я так вижу
) и соответственно для первого модуля добавил:
/* спрятал сообщени пожалуйста подождите /
.message {
display: none!important;
}
/* спрятал анимацию ожидания
.glyphicon {
display: none!important;
}
/* растянул окно фрейма нв всю страницу
#url_iframe{
width: 100%;
}
/* уменьшил значек глобуса, мне показалось большеват
.fa-2x {
font-size:1.5em!important;
Ссылка на модуль брика https://disk.yandex.ru/d/-JjvqFtg2m_tfA
Ссылка на модуль для правки css https://disk.yandex.ru/d/99ZpnP9Qh2MGXg