Кастомизируется он ни в коем случае не в index.php.
Практически всё, что можно изменить в новом портале через XML, лежит в datamodels/2.0/itop-tickets/datamodel.itop-tickets.xml. Там же описаны поля формы тикетов. Некоторые модули могут добавлять на портал свои разделы, как это делает модуль Известных ошибок и FAQ. В этом случае исходные данные нужно брать в XML-модели данных соответствующего модуля, и переопределять в своем модуле.