Короче, всё в кучу смешали и запутали сами себя.
Есть Учетная запись и есть Персона. Первая отвечает за права доступа, вторая – за бизнес-логику. Именно Персона должна относиться к Организации, с которой должен быть Договор с заказчиком, в котором услуги и т.д. и т.п. Ограничивать доступ к организациям в Учетной записи не обязательно, но если очень хочется, то нужно дать доступ минимум к двум: 1 – Организация Персоны, 2 – Организация-поставщик услуг.
Про услуги на пользовательском портале: iTop 2.3.0-beta: портал, формат даты и кое-что другое
Про отсутствующий пункт “Пакеты услуг” ничего не скажу, пока не увижу, что вы установили (какие модули).