В общем пришлось создать для каждой организации (отдела) отдельный договор с заказчиком (как описано в implementation guide), т.е. сколько отделов, столько и договоров. Не понимаю почему нельзя было сделать унаследование от вышестоящей организации к нижестоящим (в учетных записях пользователей ведь это реализовано), чтобы не приходилось добавлять столько договоров, а ведь каждый из них еще нужно привязывать к услугам, короче говоря слишком много лишних действий получается.